Легенда каже да је манастир изградио Константин Велики, али је он уништен. Касније га је обновио Теодосије Велики у знак захвалности Богородици која је спасила његовог сина дављења извлачећи га до купина (Вато на грчком знаћи купина). Зато се манастир зове Ватопед (на грчком купина-дете). 892 су га уништили Арапи и обновили су га тројица браће из Адрианополиса-Николас, Атанасиос и Антонио. У 12. веку спрски краљ Симеон (Стефан Немања) и његов син Сава су постали монаси у овом манастиру и ту су изградили неколико грађевина. Почетком 14. века и за време инвазије Каталанаца, игуман и 10 монаха су постали свеци (свети мученици) након патњи које су од њих доживели. 1546. године, краљ Сицилије Алфонсо дао је манастиру документ са златним печатом на латинском.

Овим документом је наредио гусарима да заобилазе овај манастир. Краљеви Молдавије и Валахије су дотирали овај манастир, као и цар Теодор 1588.
Главни храм је саграђен у 11. веку и именован у част Христовог јављања. Зидне иконе су исликане у 14. веку, али су рестауриране у 18. У и изван манастира су 28 капела, од којих неке имају изврсне зидне иконе.