Ime manastira Esfigmen potiče od grčke reči Sphigmeno što znaći stisnuti, jer izgleda kao da je stisnut između dve planine.Drugi kažu da je ime dobio po osnivaču koji je imao tanak konopac oko vrata (Sphigmenos). Po tradiciji, manastir (koji slavi Hristovo vaskrsnuće) su sagradili Theodosius Micros i njegova sestra, kraljica Poulheria (408-450), koja je bila Marciano-ova žena. Kasnije je manastir uništen velikom stenom koja je pala sa planine. Ruševine starog manastira su pola kilometra dalje od današnjeg. Novi manastir je podignut krajem 10. veka, od monaha iz starog manastira.

Prvi pisani dokument o manastiru je pismo Paula Xeropotamitskog iz 1001. godine. Kratko vreme u 14. veku iguman je bio poznati Gregory Palamas, koji je kanije postao solunski Arhiepiskop. Dva puta u 16. veku gusari su rušili i pljaćkali manastir, ali je on nanovo podugnut. U 17. veku je pao u zaborav, ali za vreme ruskog kralja Aleksandra Mihajlovića dobio je mnogo pomoći iz Rusije kao i od drugih pravoslavnih hrišćana koji su pomogli da manastir bude obnovljen.
Za vreme grčke revolucije 1821 Turci su naneli mnogo štete ovom manastiru. Od 1850-1858 mnogo novih ćelija je podignuto. Pored glavnog hrama tu su još i 8 kapela. Poznati monah Antoni Pećerski, osnivač poznatog manastira Lavra u Kievu, živeo je u ovom manastiru u 11. veku. On je doneo motive manastira u svoju zemlju i postao osnivač ruskog manastirskog izgleda. Danas, on je poznat kao svetac.
Biblioteka sadrži 320 rukom pisanih dokumenata,od toga 75 na pergamentu. Jedan je obrisan i ponovo napisan. Neki od njih imaju odlične minijature koje potiću čak i iz 11. veka. Takođe, tu je i 2500 štampanih dokumenata. Blago manastira sadrži krst Pulheria-e, izvrsnu mozaik-ikonu iz 13. veka, minijaturne ikone, liturgijske objekte, sceptre, krstove, razne mošti (kosti svetaca), nekoliko veoma vrednih dokumenata, jedan deo Napoleonovog šatora iz Egipta i drugo.