Legenda kaže da je manastir izgradio Konstantin Veliki, ali je on uništen. Kasnije ga je obnovio Teodosije Veliki u znak zahvalnosti Bogorodici koja je spasila njegovog sina davljenja izvlačeći ga do kupina (Vato na grčkom znaći kupina). Zato se manastir zove Vatoped (na grčkom kupina-dete). 892 su ga uništili Arapi i obnovili su ga trojica braće iz Adrianopolisa-Nikolas, Atanasios i Antonio. U 12. veku sprski kralj Simeon (Stefan Nemanja) i njegov sin Sava su postali monasi u ovom manastiru i tu su izgradili nekoliko građevina. Početkom 14. veka i za vreme invazije Katalanaca, iguman i 10 monaha su postali sveci (sveti mučenici) nakon patnji koje su od njih doživeli. 1546. godine, kralj Sicilije Alfonso dao je manastiru dokument sa zlatnim pečatom na latinskom.

Ovim dokumentom je naredio gusarima da zaobilaze ovaj manastir. Kraljevi Moldavije i Valahije su dotirali ovaj manastir, kao i car Teodor 1588.
Glavni hram je sagrađen u 11. veku i imenovan u čast Hristovog javljanja. Zidne ikone su islikane u 14. veku, ali su restaurirane u 18. U i izvan manastira su 28 kapela, od kojih neke imaju izvrsne zidne ikone.