Manastir je najverovatnije osnovan u 10. veku. U 11. je njegova kula korišcena kao kula-stražara za stanovnike Kareje. Postoje mnoge legende o osnivacu manastira. Po jednoj od njih, u ranije vreme je tu postojao manastir Haritona a po drugoj , Stavros i Nikitas su osnovali svoje celije tu i to je razlog zašto se zove Stavronikita. 1533. godine je prodat kao celija manastiru Filotej-igumanu Gregoriju za 4000 aspri (veoma malo vredan novac). Pod brigom mladog igumana i na pocetku patrijarha Jeremije (1537-1545) je manastir obnovljen i preimenovan u Sveti Nikola (Stavronikita).

1607. i 1879. vatra je uništila deo manastira ali je obnovljen uz pomoc monaha ovog ali i ostalih manastira. Velike obaveze ovog manastira nisu do 1960 dozvoljavale nikakva proširenja, ali su 1968 monasi konacno isplatili dug.

G lavni hram ima izvršne zidne ikone iz 1546 i one su uradene u slavu Svetog Nikole. Njih je uradio slavni kritski umetnik Teofan i njegov sin Simeon. Biblioteka sadrži 58 rukom pisanih dokumenata na pergamentu (11-14. vek), dva na svili, 109 od papira (14-19 vek) i hiljade štampanih. Pored oltarskih ikona postoji izvršna ikona Poslednje Vecere.

U blagu je kolekcija izvršnih minijaturnih ikona, krstova, moštiju svetaca, liturgijskih objekata i mozaicna ikona Svetog Nikole koja datira iz 14. veka. Po legendi, ova ikona je pronadena na dnu mora od nekih ribara blizu manastira i predata je manastiru. Na sebi je imala ogromnu skoljku (Strede na grckom) na svecevom celu i zato se zove Sveti Nikola Stredski.