Tačno vreme nastanka Manastira nije sasvim poznato. Prema istorijskim podacima Manastir potiče iz Srednjeg veka, a narodno predanje njegovo osnivanje vezuje za kralja Dragutina koji je od 1282. do 1316. godine upravljao ovim krajevima kao Sremski kralj.
U doba dugog i teškog turskog ropstva Manastir je često rušen i paljen, i opet obnavljan. Duhovnici Manastira bili su istaknuti narodni vođi i njihova aktivnost je smetala kako Turcima tako i svim kasnijim neprijateljima Pravoslavlja i Srpstva.

U XVIII veku Manastir igra značajnu ulogu u životu Valjevske nahije. U vreme Karađorđevog ustanka 1804. godine knez Aleksa Nenadović i vojvoda Ilija Birčanin (čiji se grob do danas nalazi u porti manastirske crkve) behu među prvima posečeni od dahija, a zajedno sa njima i arhimandrit Rafailo, poznatiji u narodu kao Hadži - Ruvim, koji postrada mučenički za veru Hristovu. Manastirski konaci su služili kao vojna bolnica sve do pada Karađorđeve Srbije.

U XIX veku u Ćelijama se osniva Osnovna škola, među prvima u Srbiji pod Milošem Obrenovićem. U ovoj školi je Sv. Vladika Nikolaj Velimirović "prvi bukvar učio", i Ćelije celog života u srcu nosio kao "prvu ljubav" prema Bogu i rodu.

Manastir Ćelije je 1837. godine pretvoren u parohijsku crkvu, što je ostao do 1928, kada su odlukom Svetog Arhijerejskog Sabora pretvoren u ženski manastir.